商务部做出这样的决定可能基于多方面的考虑：
一、维护国家安全与生物安全
1. 数据安全风险
基因测序仪在运行过程中会产生大量的基因数据。这些数据涉及到国民的遗传信息等敏感内容。美国因美纳公司如果向中国出口基因测序仪，存在基因数据被不当收集、传输和利用的风险。例如，这些数据可能被用于生物武器研发或者针对特定人群遗传特征的不良企图等危害国家安全的活动。
2. 生物安全威胁
基因测序技术在生物安全领域具有重要意义。如果进口设备存在安全漏洞或者被恶意操控，可能会对我国的生物安全防线造成冲击。比如，可能被用于释放危险生物制剂的检测分析，而这些检测数据若被国外势力掌控，可能会使我国在应对生物威胁时处于被动局面。
二、推动国内相关产业发展
1. 自主创新激励
禁止进口可以促使国内企业加大在基因测序仪研发和生产方面的投入。长期以来，我国在高端基因测序设备领域依赖进口的局面制约了国内相关产业的自主发展。通过限制因美纳的进口，能够为国内企业创造更多的市场空间，激励它们进行技术创新，提高自身的竞争力。
2. 产业体系完善
有利于构建完整的基因测序产业体系。国内企业在面临进口限制的情况下，将加强上下游产业的协同合作。例如，在零部件供应、软件开发、测序服务等环节进行深度整合，减少对国外企业的依赖，从而推动我国基因测序产业从单纯的设备使用向全产业链发展转变。
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